Aldığımız sıvılar ve gıdalar yemek borusundan geçerek midemize gelir. Bu geçiş çoğu zaman tek yönlüdür. Yani mide tarafına doğrudur. Yemek borusu ile mide arasındaki kapak görevi yapan bir darlık vardır. Kas yapısındaki bu darlık yemekler ve sıvılar geçtikten sonra midedeki maddelerin yemek borusuna geri gitmesine engel olur. Reflü hastalığında bu kas tam olarak çalışmamakta ve mide asidini de içeren sıvılar geriye doğru yemek borusuna kaçmaktadır. Bunun sonucunda bazen sadece belirtiler görülür ilerleyen durumlarda artık bu asit yüzünden yemek borusu duvarında yaralar oluşmaya başlar.

Reflü özofajit denilen durum yapılan endoskopide yemek borusu altında duvarda yaralar görülmesi durumuna denir. Normalde bazen bu reflü olur. Yemeklerden özellik çok yenilen yemeklerden hemen sonra, uykudayken bu kas yapısının kasılması zayıflar ve mide içeriği geri kaçabilir. Bu normal olan bir olaydır fakat yapılardaki bir sorun oluşması durumunda devamlı ve sık tekrarlayan reflü klinik belirtiler vermeye ve zamanla tahriş etmeye başlar. Hatta çok ilerleyen durumlarda yemek borusunda kanser oluşumuna bile neden olabilir.